Khi xảy ra chiến tranh Trực lệ - Phụng thiên lần thứ hai, Phùng chịu trách nhiệm phòng thủ Nhiệt hà.Năm 1924, Phùng Ngọc Tường lợi dụng chiến tranh giữa hai phe Phụng thiên - Trực lệ dẫn quân vào Bắc Kinh làm chính biến bắt giam Tổng thống Tào Côn vào lầu Diên Khánh, đưa nhà ngoại giao Hoàng Phu thuộc phái dân sự lên nắm quyền Tổng thống. Phe Trực lệ của Ngô Bội Phu bị thất bại lớn vì hành động của Phùng Ngọc Tường và Ngô Bội Phu bị Trương Tác Lâm đánh bại gần Thiên Tân.

Ông yêu cầu Nga sô trợ giúp. Nga sô đang giúp Tôn Dật Tiên và Quốc dân đảng trong mưu toan Bắc phạt, nhưng cũng ủng hộ họ Phùng, và đã phái cố vấn và gửi quân viện tới giúp họ Phùng. Các sứ quân làm chủ miền bắc đã bị Phùng Ngọc Tường loại ra ngoài, và họ Phùng muốn nhường cho Tôn Dật Tiên chức tổng thống tại Bắc Kinh, thay vì chức Tổng thống Đặc Biệt tại Quảng Đông, đồng thời thỏa hiệp với các quân phiệt Trương Tác Lâm (phe Phụng thiên), Trương Tôn Xương.. Lời mời của Phùng Ngọc Tường đưa ra đúng lúc Tôn Dật Tiên đang muốn bỏ Quảng Châu và tìm một thủ đô khác. Ngày 5/11/1924 Phùng Ngọc Tường trục xuất phế đế Phổ Nghi của nhà Thanh ra khỏi Tử Cấm Thành.

Hoàng Phu làm quyền Tổng thống một tháng thì Đoàn Kỳ Thụy kế nhiệm. Ngày 24 tháng 4 năm 1925, Đoàn đã cho giải tán Quốc hội Dân quốc, chuyển quyền lập pháp cho Lâm thời Tham chính viện. Hành động này đã làm dấy lên cuộc vận động phản đối chính phủ của học sinh Bắc Kinh. Chính phủ lâm thời của Đoàn bất lực trong việc thu xếp. Ngày 18 tháng 3 năm 1926, chính phủ ra lệnh đàn áp phong trào, dẫn đến Cuộc thảm sát 18 tháng 3 tại Bắc Kinh. Uy tín của chính phủ lâm thời càng lúc càng lung lay. Chưa đầy 1 tháng sau, ngày 9 tháng 4, Phùng Ngọc Tường một lần nữa phát động chính biến.